東京武蔵野シティフットボールクラブは、Jリーグ参入を目標に掲げ武蔵野市への協力要請やJリーグからのヒアリングなどの活動を行い、2015年11月にJ3クラブライセンス取得のためJリーグ百年構想クラブ申請を提出。2月23日、Jリーグ百年構想クラブとして承認されたことを発表した。
2016シーズン、J3参入の条件である平均入場者数平均2000人以上、JFLで4位以内などの条件クリアを目標に活動していくという。「Jリーグ参入という新たな目標に向かい全力で戦ってまいりますが、そのためには皆様のご協力が不可欠です。是非ホームゲームやイベント等にお越しいただき、東京武蔵野シティFCの活躍を取材していただければと思います。応援、よろしくお願いいたします」と公式HPなどを通じて発表している。
東京武蔵野シティFCは、昨季まで横河武蔵野フットボールクラブとして活動。Jリーグ参入を目指し、Jリーグ百年構想クラブの申請手続きを行うためチーム名を変更した。
JFL開幕戦となる3月6日、東京武蔵野はアウェーでヴェルスパ大分と対戦。ホーム開幕戦は3月13日で、ホンダロックSCを武蔵野陸上競技場に迎える。